MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 142

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018185	CGG	2	6	374	379	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356049
2	NC_018185	TCG	2	6	427	432	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356049
3	NC_018185	CGT	2	6	458	463	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356049
4	NC_018185	GGTG	2	8	469	476	0 %	25 %	75 %	0 %	398356049
5	NC_018185	AGC	2	6	483	488	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356049
6	NC_018185	ATG	2	6	495	500	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356049
7	NC_018185	CGC	2	6	511	516	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356049
8	NC_018185	CGC	2	6	581	586	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356049
9	NC_018185	GGC	2	6	605	610	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356049
10	NC_018185	ATCG	2	8	626	633	25 %	25 %	25 %	25 %	398356049
11	NC_018185	GC	3	6	671	676	0 %	0 %	50 %	50 %	398356049
12	NC_018185	GCC	2	6	679	684	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356049
13	NC_018185	AGC	2	6	705	710	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356049
14	NC_018185	GCG	2	6	712	717	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356049
15	NC_018185	GCTG	2	8	775	782	0 %	25 %	50 %	25 %	398356049
16	NC_018185	GC	3	6	819	824	0 %	0 %	50 %	50 %	398356049
17	NC_018185	CGG	2	6	829	834	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356049
18	NC_018185	GTC	2	6	843	848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356049
19	NC_018185	GC	3	6	857	862	0 %	0 %	50 %	50 %	398356049
20	NC_018185	TCG	2	6	900	905	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356049
21	NC_018185	GCG	2	6	931	936	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356049
22	NC_018185	GC	3	6	938	943	0 %	0 %	50 %	50 %	398356049
23	NC_018185	GC	3	6	1003	1008	0 %	0 %	50 %	50 %	398356049
24	NC_018185	GC	3	6	1068	1073	0 %	0 %	50 %	50 %	398356049
25	NC_018185	TCC	2	6	1077	1082	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356049
26	NC_018185	TGCA	2	8	1133	1140	25 %	25 %	25 %	25 %	398356049
27	NC_018185	GTC	2	6	1184	1189	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356049
28	NC_018185	GCG	3	9	1196	1204	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356049
29	NC_018185	TCGG	2	8	1237	1244	0 %	25 %	50 %	25 %	398356049
30	NC_018185	GCC	2	6	1392	1397	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356050
31	NC_018185	GAT	2	6	1407	1412	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356050
32	NC_018185	TCC	2	6	1471	1476	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356050
33	NC_018185	TCA	2	6	1507	1512	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356051
34	NC_018185	TCG	2	6	1558	1563	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356051
35	NC_018185	TCA	2	6	1579	1584	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356051
36	NC_018185	TTC	2	6	1723	1728	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356051
37	NC_018185	TC	3	6	1742	1747	0 %	50 %	0 %	50 %	398356051
38	NC_018185	AGA	2	6	1847	1852	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356052
39	NC_018185	GCG	2	6	1959	1964	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356052
40	NC_018185	TTG	2	6	1994	1999	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356052
41	NC_018185	AGC	2	6	2048	2053	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356052
42	NC_018185	TTG	2	6	2117	2122	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356052
43	NC_018185	TGC	2	6	2148	2153	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356052
44	NC_018185	ACTG	2	8	2158	2165	25 %	25 %	25 %	25 %	398356052
45	NC_018185	AAG	2	6	2182	2187	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356052
46	NC_018185	CGGCT	2	10	2302	2311	0 %	20 %	40 %	40 %	398356053
47	NC_018185	TGGC	2	8	2338	2345	0 %	25 %	50 %	25 %	398356054
48	NC_018185	GGC	2	6	2438	2443	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356054
49	NC_018185	TGTGA	2	10	2500	2509	20 %	40 %	40 %	0 %	398356054
50	NC_018185	AGC	2	6	2561	2566	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356055
51	NC_018185	GTCG	2	8	2583	2590	0 %	25 %	50 %	25 %	398356055
52	NC_018185	AGAA	2	8	2618	2625	75 %	0 %	25 %	0 %	398356055
53	NC_018185	GCG	3	9	2635	2643	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356055
54	NC_018185	GTT	2	6	2659	2664	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356055
55	NC_018185	GC	3	6	2674	2679	0 %	0 %	50 %	50 %	398356055
56	NC_018185	GTCA	2	8	2695	2702	25 %	25 %	25 %	25 %	398356055
57	NC_018185	CCGT	2	8	2743	2750	0 %	25 %	25 %	50 %	398356055
58	NC_018185	CATT	2	8	2756	2763	25 %	50 %	0 %	25 %	398356055
59	NC_018185	GTC	2	6	2773	2778	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356055
60	NC_018185	GCG	2	6	2779	2784	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356055
61	NC_018185	GAC	2	6	2808	2813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356055
62	NC_018185	CAC	2	6	2819	2824	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356055
63	NC_018185	GC	3	6	2827	2832	0 %	0 %	50 %	50 %	398356055
64	NC_018185	AAG	2	6	2833	2838	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356055
65	NC_018185	CGGC	2	8	2868	2875	0 %	0 %	50 %	50 %	398356055
66	NC_018185	GAT	2	6	2942	2947	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356055
67	NC_018185	GCG	2	6	2959	2964	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356056
68	NC_018185	CTGG	2	8	2972	2979	0 %	25 %	50 %	25 %	398356056
69	NC_018185	GGC	2	6	3093	3098	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356056
70	NC_018185	ACG	2	6	3118	3123	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356056
71	NC_018185	TGCC	2	8	3131	3138	0 %	25 %	25 %	50 %	398356056
72	NC_018185	GAA	2	6	3146	3151	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356056
73	NC_018185	GGT	2	6	3197	3202	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356056
74	NC_018185	A	6	6	3259	3264	100 %	0 %	0 %	0 %	398356056
75	NC_018185	CTG	2	6	3280	3285	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356056
76	NC_018185	CGA	2	6	3362	3367	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356057
77	NC_018185	GC	3	6	3376	3381	0 %	0 %	50 %	50 %	398356057
78	NC_018185	GAT	2	6	3386	3391	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356057
79	NC_018185	GC	3	6	3401	3406	0 %	0 %	50 %	50 %	398356057
80	NC_018185	TGC	2	6	3431	3436	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356057
81	NC_018185	CTT	2	6	3549	3554	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356057
82	NC_018185	GCCA	2	8	3594	3601	25 %	0 %	25 %	50 %	398356057
83	NC_018185	GGC	2	6	3623	3628	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356057
84	NC_018185	CG	3	6	3697	3702	0 %	0 %	50 %	50 %	398356057
85	NC_018185	CGT	2	6	3707	3712	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356057
86	NC_018185	CAA	2	6	3724	3729	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356057
87	NC_018185	TGC	2	6	3738	3743	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356057
88	NC_018185	CGC	2	6	3895	3900	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356057
89	NC_018185	CTG	2	6	3921	3926	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356057
90	NC_018185	GAT	2	6	3929	3934	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356057
91	NC_018185	CCG	2	6	4096	4101	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356057
92	NC_018185	CGC	2	6	4210	4215	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356057
93	NC_018185	GCC	2	6	4218	4223	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356057
94	NC_018185	CTA	2	6	4226	4231	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356057
95	NC_018185	CGG	2	6	4245	4250	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356057
96	NC_018185	GGC	2	6	4311	4316	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356057
97	NC_018185	TTC	2	6	4395	4400	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356057
98	NC_018185	CCA	2	6	4417	4422	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356057
99	NC_018185	ACGCC	2	10	4441	4450	20 %	0 %	20 %	60 %	398356057
100	NC_018185	CGT	2	6	4566	4571	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356057
101	NC_018185	GCCGA	2	10	4638	4647	20 %	0 %	40 %	40 %	398356057
102	NC_018185	TCCT	2	8	4683	4690	0 %	50 %	0 %	50 %	398356057
103	NC_018185	CAA	2	6	4715	4720	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356057
104	NC_018185	GCC	2	6	4722	4727	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356057
105	NC_018185	GTG	2	6	4789	4794	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356057
106	NC_018185	CGC	2	6	4802	4807	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356057
107	NC_018185	CGA	2	6	4816	4821	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356057
108	NC_018185	ACG	2	6	4843	4848	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356057
109	NC_018185	GGCTT	2	10	4859	4868	0 %	40 %	40 %	20 %	398356057
110	NC_018185	CG	3	6	4880	4885	0 %	0 %	50 %	50 %	398356057
111	NC_018185	ACA	2	6	4902	4907	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356057
112	NC_018185	GCT	2	6	4919	4924	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356057
113	NC_018185	ATG	2	6	4953	4958	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356057
114	NC_018185	CAT	2	6	4966	4971	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356057
115	NC_018185	CAT	2	6	5607	5612	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356058
116	NC_018185	CGC	2	6	5652	5657	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356058
117	NC_018185	TGA	2	6	5664	5669	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356058
118	NC_018185	CTT	2	6	5679	5684	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356058
119	NC_018185	GCT	2	6	5720	5725	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356058
120	NC_018185	ATG	2	6	5735	5740	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356058
121	NC_018185	CAT	2	6	5769	5774	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356058
122	NC_018185	AGAA	2	8	5862	5869	75 %	0 %	25 %	0 %	398356058
123	NC_018185	GAT	2	6	5948	5953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356059
124	NC_018185	AAG	2	6	5988	5993	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356059
125	NC_018185	CG	3	6	6007	6012	0 %	0 %	50 %	50 %	398356059
126	NC_018185	TGC	2	6	6082	6087	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356059
127	NC_018185	GTC	2	6	7130	7135	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356061
128	NC_018185	GAA	2	6	7144	7149	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356061
129	NC_018185	GAG	2	6	7204	7209	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356061
130	NC_018185	CTA	2	6	7225	7230	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356061
131	NC_018185	TGG	2	6	7339	7344	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356061
132	NC_018185	CATA	2	8	7363	7370	50 %	25 %	0 %	25 %	398356061
133	NC_018185	GGT	2	6	7375	7380	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356061
134	NC_018185	GGC	2	6	7406	7411	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356061
135	NC_018185	ATC	2	6	7418	7423	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356061
136	NC_018185	GCGA	2	8	7434	7441	25 %	0 %	50 %	25 %	398356061
137	NC_018185	GAA	2	6	7450	7455	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356061
138	NC_018185	A	6	6	7484	7489	100 %	0 %	0 %	0 %	398356061
139	NC_018185	GAC	2	6	7532	7537	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356061
140	NC_018185	AAACA	2	10	7575	7584	80 %	0 %	0 %	20 %	398356061
141	NC_018185	GCG	2	6	7632	7637	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356062
142	NC_018185	TCG	2	6	7646	7651	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356062

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.